老成练达的申时行善于洞察事情的阴和阳。他知道，道德不过是借口，问题的症结是廷臣的安全感。真相既明，他就采取最有效的方式来解决问题。他不事张扬，悄悄地和宦官们谈判。他后来写下的文章，阐述了此中奥妙。申阁老此时质问御马监的诸宦官：几千个官兵带着武器在皇帝身旁，谁能保证他们中间没有人参与做坏事的阴谋？万一有变，其他警卫人员救护不及，谁负得起这样重大的责任？诸位身为将领，又岂能置身事外？首辅还可能在此时提出江彬的先例，用本朝的历史，引证凡是和文官集团公开作对的人，没有一个能得到善终。即使是皇帝最亲信的人，迟早也会被大众清算。这一番危言耸听的游说取得了预期的效果，用申时行自己的话来说，就是“诸珰竦然”。
带兵的宦官既已为申时行的言辞所震慑，他们不再愿意参与内操，转而劝说皇帝放弃亲率禁军。这种釜底抽薪的办法，为效极显；而且皇帝不是一个没有理智的人，他知道如果坚执己意，他和臣下的冲突势必与他叔祖正德一朝的情况相类似。他既不愿意走此极端，迟早就得让步，所以从这时起他就对禁军逐渐不加过问。1585年之后，御马监勇士相次为人遗忘，禁军这一组织也就逐渐于无形中瓦解。
申时行以办理外交的方式来主持内政，御林军事件的顺利结束，更证明了这种方式确实卓有成效。他欣赏自己“从中调剂，就事匡维”这一处世和执政的原则，对待皇帝的办法则是“显谏者不若潜移为妙”。因为这种办法既对皇帝的权威无损，而臣下的目的又可以达到，这比之于臣下在奏章上奚落昏庸的皇帝，而皇帝用荆条痛打犯上的群臣总要高明得多。申时行所始料未及的，就是万历皇帝比他申先生又更高一手，他看透了这种斗争的真情实相，知道自己生气都属无效，莫若用“无为”的办法，对付所有的纠缠，因之他的消极也越来越彻底了。
自从1585年以后，万历除了仅仅于1588年对自己的定陵再度视察过一次以外，3o多年，他没有走出过紫禁城一步，创造了自古至今的最高纪录。皇帝离开京城不到百十里竟然会成为一个严重问题，也是当日国家组织的特别现象。万历于1583年至1585年之间的四次谒陵，其真正的目的是在寻觅及视察他自己的葬身之地。然则既要经过祖墓的附近，谒祭即不可免。既为谒陵，种种仪式自然应当周到齐备。因之每次出发以前，礼部必须斟酌成例，拟订各种详情细节，有的陵墓由皇帝亲自祭谒，有的则由驸马等人代为行礼。御驾每次出动，京城立刻戒严，每一座城门都由一位高级文臣和武将共同把守。皇弟潞王当时尚未成年，他的任务是把铺盖搬到德胜门的城楼上居住，密切监视御驾必经之路。这支谒陵队伍声势十分浩荡显赫，其中有陪同皇帝的两位皇太后和皇后皇妃，加上随从的宦官官女、文官武将、大汉将军、御马监勇士、京军等等，人数多达几千。到了郊外，皇帝及其家属住在佛寺里，对其他随从人员则临时搭盖帐篷以供休息住宿，这一切要先期准备周详，不能少有差错。
在这几十里的道途上，一些地方官、耆老以及学校的教官被引导在御前行礼。皇帝对他们慰勉有加，并宣布他所经过的地区免税一年，以酬答当地居民对他这一行所作的供奉。
这样的队伍和排场，两年半之内要组织四次，廷臣就感到是过于频繁了。于是，使皇帝扫兴的事情就纷至沓来。北方边镇驰报蒙古部落颇有蠢动的征象，叩请御驾谨慎小心；礼部的官员据此坚请皇帝缩短出行的时日。有一次，皇帝的侍卫旁边发生逸马狂奔的非常事件，又有一次有若干文官误入禁地，这些都由御史据实奏报御前，以期引起应有的警惕。经过这些周折，本来应该是很愉快的小事游憩已全无乐趣之可言。1589年万历曾经表示还想出巡一次，监察官听到以后立刻上书诤谏。他们说，皇上已经感到自己火气过旺，必须放弃早朝以事休养，那么就更不应该出城游玩而使火气增加。皇帝读完这些奏章，从此就没有再提出巡一事。
万历所巡视的为自己预筑的陵墓动土于1584年的夏季。这项巨大的工程微妙地体现了把皇帝不当作一个有血有肉的人，而把他当作一种机构的看法。万历皇帝缺乏坚强的意志和决心，但并不缺乏清醒和机灵的头脑，然而他竟欣然接受了这种精上的活埋。
陵墓内的葬室筑有停放梓官的石床。石床上留出来的位置共有三个，除了皇帝和皇后以外，还有一个位置留给下一代皇帝的生母。万历目睹之余，不禁感慨系之，他所心爱的女人即使不能在生前成为皇后，在死后也应当陪伴在他的身旁。否则，他和世界上唯一能够心心相印的女人在皇城的寺院里双双祈祷又所为何来呢？朱翊钧在生之日有妃嫔数十，宫女无数，可是与皇贵妃郑氏始终形影不离。“可见生死同心，是他们的宿愿。这样美好的宿愿又是否能成为现实呢？当日皇帝想到这些，这大峪山的工程，就又和立储一事相始终而不可分割了。
皇帝在世之日预筑陵寝，在本朝有洪武、永乐、嘉靖三朝的成例可援。其不同之处，在于定陵竟然预筑于万历皇帝的青年时代。据申时行后来说，这一建议始创于1583年张四维做首辅的时候，当时皇帝还不足2o岁。但这建议一经提出，他立即欣然同意，并亲自参与地址的选择和工程的设计。
他当然不是认为自己去死不远，而是踌躇满志地感到他已经不折不扣地取得了列祖列宗的地位，足以让千秋万岁之后的人们崇敬。同时，他虽然年未二十，但是已为人父，而且御字已经1o年，具有足够的资格承当这一光荣。
这次预筑陵寝的工程和别项工程不同，差不多完全没有廷臣劝谏。惟一的争执在于风水问题，已如上文所述。最后由于皇帝宸衷独断，才平息了这场纠纷。争论者没有想到，平日他们以道德的名义解决技术问题，现在却要用技术的名义去解决道德问题，只是皇帝以秦始皇和骊山为例，不肯过于讲究，以致坚持风水的人，不能继续用这个名目作党争的根据。
筑陵是本朝大事，有司职责所系，于是组成了一个类似于委员会的机构，成员有尚书三人、司礼监太监和高级军官数人，总其成的是定国公徐文壁和首辅申时行。军官之所以参加这个机构，是由于大量的土木工程需要兵士的体力。徐文壁是开国勋臣徐达之后，各种重要的札仪都少不了由他领衔，而全部的擘划经营无疑还要由申时行一力承担。到1587年，申时行已亲赴大峪山督工多次，其尽瘁王事的忠忱，当然会被年轻的皇帝所体会并因此增加对于申先生的信任。
定陵的建筑经过详见于当日工部的记录报告之中，其建筑结构则因1956年的发掘而为4oo年后的人们所了解。整个看来，玄官的宗教色彩浓厚。其石制椅案缀饰以帝后的标志如龙凤，其下缘则为莲瓣，乃是佛家传统。其懵懂于下世超生的观念，实际上是一种希望，一种幻想。内中埋藏的金银和瓷质的面盆固然予人以现实化的感觉；可是木雕的人涌马匹却又只有玩具一样大小，显示着筑陵的人将“长生不死”的观感，认作一种心理状态，只能于半信半疑间得之。
今天，有思想的观光者，走进这座地下宫殿的玄宫，感触最深的大约不会是这建筑的壮丽豪奢，而是那一个躺在石床中间、面部虽然腐烂而头发却仍然保存完好的骷髅。它如果还有知觉，一定不能瞑目，因为他心爱的女人，这唯一把他当成一个“人”的女人，并没有能长眠在他的身旁。同时，走近这悲剧性的骸骨，也不能不令人为这整个帝国扼腕。由于成宪的不可更改，一个年轻皇帝没有能把自己创造能力在政治生活中充分使用，他的个性也无从发挥，反而被半信半疑地引导进这乌有之乡，充当了活着的祖宗。张居正不让他习字，申时行不让他练兵，那么他贵为天子并且在年轻时取得了祖宗的身份，对事实又有什么补益？富有诗意的哲学家说，生命不过是一种想象，这种想象可以突破人世间的任何阻隔。这里的地下玄官，加上潮湿霉烂的丝织品和胶结的油灯所给人的感觉，却是无法冲破的凝固和窒息。他朱翊钧生前有九五之尊，死后被称为宗显皇帝，而几百年之后他带给人们最强烈的印象，仍然是命运的残酷。
至于首辅申时行，他在监督定陵工程的时候究竟产生过多少感想，又产生过多少感慨，在留传到今天的官方文件上启然是查不到的。我们所能看到的是申时行在参与了破土典礼以后给皇帝的祝辞：“永绥列圣之灵，预卜万年之兆域。”我们还能看到的是他在1586年举行正殿上梁典礼以后给皇帝的祝辞：“爱诹升栋之辰，适应小春之候。先期则风和日暖，临时则月朗星辉。臣工抃舞以扬休，民庶欢呼而趋事。”这些辞藻上的对偶和华丽表现了想象中的至美至善，但是皇帝和他的老师彼此也都明白，对这样的文字不能过于认真。因为其时陵墓工程已延续多年，其耗用的财力已使国库受到影响，而征用的军民人力，也应当使“欢呼而趋事”者感到了难以解脱的痛苦。1587年即万历十五年国史上记有这么一条：“赐寿官工人汤药及老弱饥号难以回乡者路费。”这条通令不可能未经皇帝和总揽工程的首席大学士过目，但是所谓赏赐是否确实发下，发下的数字又是否足敷使用，则无从证实了。