对于张居正及其遗属的处理，在1583年夏季以前，万历已经褫夺了张居正三个儿子的官职，撤销了张居正本人生前所得到的太师头衔。尽管情况仍在进展，但是他仍想适可而止，以全始终。又过了一年，即1584年阳历五月，辽王的王妃控诉张居正生前出于个人恩怨，又为了攘夺府邸而蒙蔽圣聪，废黜辽王，理应籍没。这时万历觉得张居正竟敢侵犯皇室以自肥，实属罪无可逭，因此下决心同意了这一请求。

张居正死后两年再被抄没家财，在技术上还造成了一些更加复杂的情况。按本朝的习惯，所抄没的家财，应该是张居正死后的全部家财，这两年之内被家属花费、转移的物资钱财必须全部追补，即所谓“追赃”。而应该追补的数字又无法有确切的根据，所以，只能根据“情理”的估计。张居正生前毫无俭约的名声，负责“追赃”的官员即使意存袒护，也决不敢把这个数字估计过低。张居正的弟弟和儿子在原籍江陵被拘留，凑缴的各种财物约值白银十万两以上。这个数字远不能符合估计，于是执行“追赃”的官员对张居正的长子张敬修严刑拷打。张敬修供称，确实还有白银三十万两寄存在各处，但招供的当晚他即自缢身死，几天之后，张家的一个仆人也继而自杀。

抄没后的财物一百一十台被抬进宫门，其中包括御笔四纸，也就是当年皇帝赏赐的、称颂张先生为忠臣的大字。财物中并没有值得注意的珍品。万历皇帝是否亲自看过这些东西或者他看过以后有无反应，全都不见于史书的记载。当日唯一可能阻止这一抄家措施的人是慈圣太后，但是她并没有这样做，也许她正在为她父亲武清侯李伟的去世伤悼不已而无心置问。李伟死后被封为国公，并允许长子袭爵。要是张居正还在，这种本朝前所未有的殊荣旷典是决不可能被授予的，他一定会用爱惜朝廷名器这一大题目出而作梗。仅凭这一点，慈圣太后也不可能再对张居正有任何好感。

在抄家之后，有两个人呈请皇帝对张居正的老母额外加恩。万历一面批准以空宅一所和田地一千亩作为赡养，一面又指责了这两个呈请者。大学士申时行遭到了温和的申诫，刑部尚书潘季驯则由于夸大张氏家人的惨状而被革职为民。

事态既然发展到这一地步，万历已经无法后退。对这两年的一切措施，也有必要向天下臣民作出交代。要说张居正谋逆篡位，一则缺乏证据，二则对皇室也并无裨益，所以，在抄家四个月之后，即1584年阳历九月，才正式宣布了总结性的罪状：“诬蔑亲藩，侵夺王坟府第，箝制言官，蔽塞朕聪，专权乱政”，本当剖棺戮尸，仅仅因为他多年效劳，姑且加恩宽免。他的弟弟和两个儿子被送到烟瘴地面充军。