厦门、广州、台湾（台湾台南）、琼州（海南琼山）为通商港口（七口通商）二利益均沾条款适用于俄国。
三中俄两国未定边界，重新勘定（中国西北疆土丧失的伏笔）俄国还要求割让乌苏里江以东领土，桂良心神恍惚，口头上连连应允。口头上的应允虽然没有法律上的效力，但有鼓舞俄国要求再举行谈判的效力。
两年后，一八六○年，英法联军进入北京，俄国前任驻华公使伊格那提耶夫也狐假虎威，进入北京，向失魂落魄的奕訢亲王，表示他有办法使英法联军撤退，但中国必须把乌苏里江以东领土正式割让给俄国，作为酬谢。
英法联军所以发生，跟鸦片战争所以发生一样，都基因于清政府对当代国际社会，连最低的基本常识都没有。英法联军的目的只求清政府履行《天津条约》并无意打进中国的首都。既然阴差阳错打进了中国首都，一则缺少冬天装备，一则又怕清政府瓦解，妨碍他们的商人做生意。所以一心一意希望早日签订和约，早日撤退。清政府官员对这些一无所知，每日忧心忡忡、唯恐英法长期占领。在签约之后，英法联军本要依限撤退，偏因内部一点小事，延缓了几天，奕訢就慌了手脚，认为是俄国从中捣鬼，他向皇帝奕囗报告说：“恐怕俄夷之事一天不解决，英夷的兵一天不走。”
就又晕晕忽忽地签订了中俄《北京条约》一、割让乌苏里江以东土地给俄国。
二、中俄两国在中亚，以山脉河流自然形势，和中国哨兵站为边界。
三、俄国在喀什噶尔（新疆喀什）、伊犁（新疆伊宁）、塔尔巴哈台（新疆塔城）自由贸易，并有购地建屋，和传教之权。
乌苏里江以东领土有三十四万平方公里，包括海参崴在内，在俄国的诈欺下，又莫名其妙的全部丧失。
中国既没有被俄国打败，俄国也没有费一枪一弹，只凭恐吓和诈术，就硬生生的夺取了九十八万平方公里的中国领土，是日本面积的两倍半，而且这还是第一批，更多的恐吓和诈骗还在后面。这不像是真实的国际交涉，倒像是一篇童话故事。
十新疆的脱离与收复太平天国覆亡的那一年（一八六四）西北的新疆地区，又爆发更严重的反抗战争。
陕西回变领袖人物之一的妥明从陕西到了新疆天山北路的重镇乌鲁木齐，住在乌鲁木齐军区副司令（参将）索焕章家中，企图发动另一个回变，以打击已失去控制力的清政府。恰巧军区总司令（都统）平瑞正向各县征收捐税，税吏马金、马八都是伊斯兰教徒，贪污暴虐，各县汉人纷纷起来反抗。马金、马八反而倒打一耙，指控这是抗暴的汉人有计划的要消灭伊斯兰教徒，号召伊斯兰教徒用武力对付。古城（新疆奇台）首先发生流血械斗，索焕章乘着混乱，把平瑞杀掉，拥戴妥明当王，建立独立政权。
明年（一八六五）另一位从陕西逃到天山南路的陕西回民领袖金相印，在喀什噶尔（新疆喀什）暴动，把清政府的官员p走。天山西麓，位于中亚的浩罕王国（乌孜别克浩罕）派了它的大将阿古柏，带着维吾尔人伊斯兰教徒领袖大和卓木布士尔克（可怜的张格尔之子）率领强悍善战的安集延（乌孜别克安集延）兵团，进入中国领土，援助金相印。浩罕人也属于维吾尔民族，于是汉人伊斯兰教徒跟维吾尔人伊斯兰教徒合流。
布士尔克在喀什噶尔称王，他既没有才能而又想干预阿古柏的军权，两年后（一八六七）阿古柏政变，把布士尔克逼下宝座，送去阿拉伯半岛麦加朝圣。阿古柏登位，称毕调勒特可汗，建立哲德沙尔汗国。一八七○年，阿古柏北伐，攻陷乌鲁木齐，当了七年王的妥明在逃亡途中死掉，阿古柏遂统一了新疆全境，只伊犁（新疆伊宁）地区除外，伊犁于一八七一年被俄国突击占领。
阿古柏的庞大汗国很快的就跟英俄两国缔结通商条约，又跟当时伊斯兰教教主苏丹所统治下的土耳其帝国，建立密切关系。二百万平方公里的新疆，事实上已与中国脱离。
一八七三年，甘肃回变结束，陕甘总督左宗棠向中央要求收复新疆。新疆这时脱离中国已经十年，分裂的形势已经形成，清政府高级官员对这个棘手问题，像对一颗病牙一样，小心翼翼，没有人敢去碰它。如今左宗棠提出收复国土的严正主张，使他们不得不正视现实。当权的高级官员分为两派，一派称海防派，以讨伐捻军的安徽兵团（淮军）首领李鸿章为主，认为中国的外患，来自海洋，所以主张加封阿古柏为国王，使他像朝鲜、越南一样，永作中国的藩属，也就是说，这一派主张把新疆放弃。另一派称塞防派，以湖南兵团（湘军）首领左宗棠为主，他在给中央政府的报告上说：“保卫新疆就是保卫蒙古，保卫蒙古就是保卫北京。”
他和他的朋友主张必须收回新疆。
最后塞防派胜利，一八七六年，左宗棠的西征大军攻克乌鲁木齐，天山北路光复。英国驻北京的公使乌亚德要求清政府允许阿古柏独立，以保持中亚的和平。这时清政府已不敢再把外国当作夷狄，而且已逐渐生出一种恰恰相反的自卑感，对所有外国，尤其对英国，心怀畏惧。连中国驻英公使，在当时思想最新最进步的郭嵩焘，也都同意这是一个妥善的办法，以免触怒英国。但左宗棠竭力反对，他说：“英国爱护阿古柏如果出于真心，为什么不把印度割让给他？”
明年（一八七七）左宗棠的西征大军越过高插云霄的天山山脉南下，阿古柏无力抵抗。而浩罕王国在前一年已被俄国并吞，阿古柏也得不到外援，进退失据，就在库尔勒城
服毒自尽。他的儿子们跟四世纪大分裂时代后秦天王姚兴的儿子们一样，大敌当前而仍拒绝团结，反而誓不并存，互相残杀。结果在内斗中胜利的一方——阿古柏的两个年轻儿子和三个孙子，被左宗棠的西征大军捕获，用酷刑磔死。